噬菌体T4溶菌酶溶液构象模拟中分子力场和水模型的选择（英文）

作者：杜新正; 华信帆; 张志勇^*

来源：Chinese Journal of Chemical Physics, 2021, 34(04): 487-498.

• 分子动力学模拟
• 噬菌体T4溶菌酶
• 分子力场
• 水模型

蛋白质在溶液中可能以不同构象的集合形式存在,不能用单一的静态结构来表示.分子动力学模拟已成为对溶液中蛋白质构象进行采样的有用工具,但分子力场和水模型的选择是关键问题.这项工作介绍了噬菌体T4溶菌酶的个例研究.本文发现,使用经典的AMBER99SB力场和TIP4P水模型,分子动力学模拟不能很好地描述野生型噬菌体T4溶菌酶在微秒时间尺度上的铰链弯曲结构域运动.其它新型力场和水模型的组合,如被称为RSFF2+的残基特异性力场和离散校正的水模型TIP4P-D,能够对噬菌体T4溶菌酶溶液构象进行合理的采样,与实验数据有良好的一致性.这项工作为进一步研究噬菌体T4溶菌酶的溶液构象转变提供了分子力场和水模型的参考.

• 单位
  生命科学学院; 中国科学技术大学