集装箱班轮运输具有较强的计划性,但在实际中,由于天气等原因仍存在运行时间不确定性,对制定靠泊计划产生重要影响.针对这一问题,研究集装箱班轮运行时间的偏差规律;根据问题特点和集装箱班轮靠泊规则,构建基于运行时间不确定的集装箱码头靠泊计划优化模型;设计以遗传算法为外层框架,嵌入仿真过程构成优化循环的算法,针对问题特点设计初始择优策略进行求解.最后,以大连港集装箱码头作业为实际背景进行建模和计算,取得了较好的结果.实例分析和算法测试证明了本文所建模型和算法的有效性.