提出了一种基于GPU加速的脑皮层重建并行算法.该算法采用过完备球面小波变换对大脑皮层数据进行多尺度分解及重建.首先在三维欧氏空间,给出了沿坐标轴独立进行球面调和-卷积计算的理论证明;然后利用GPU的通用计算功能对球面调和变换和球面卷积运算进行并行处理,实现了脑皮层快速重建.实验结果表明,使用提出的算法重建的脑皮层与传统CPU算法的结果几乎没有差别,但是计算速度提高了50倍.