铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析

作者：石继春; 陈驰; 梁丽; 杜宗利; 龙新星; 郑锐; 孙文媛; 徐颖华^*; 叶强^*

来源：临床检验杂志, 2022, 40(02): 116-119.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2022.02.08

• 铅黄肠球菌
• 平均核苷酸一致性
• 全基因组序列
• 标准菌株

目的 应用多种方法对CMCC(B) 32220鉴定和分析，了解其全基因组的分子特征。方法 将待鉴定菌株CMCC(B) 32220复苏培养后，依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定，应用生物信息学方法分析其基因组基本特征，并预测基因功能、耐药性及致病性。结果 经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B) 32220均为铅黄肠球菌。CMCC(B) 32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4%和98.9%,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8%～98.7%。CMCC(B) 32220染色体全基因组序列全长为3 195 952 bp,包含3 054个基因，其中具有直系同源簇(COG)功能2 453个，参与KEGG代谢通路1 622个。而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B) 32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1%,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠球菌和粪肠球菌)代表性菌株基因组的ANI值均小于80%。预测蛋白质同源性分析表明其基因组中编码2 772个(占93.7%)铅黄肠球菌特异性蛋白质。其基因组仅含2种耐药基因，并存在5种对人潜在致病性相关蛋白质。结论 应用多种不同原理方法成功系统鉴定CMCC(B) 32220符合铅黄肠球菌特征，并获得其全基因组的基本特征资料，为细菌标准菌株提供更多背景数据。

• 单位
  中国食品药品检定研究院