基于18S和28S rDNA基因的房舍甲螨DNA条形码比较研究

作者：陈慧林; 朱永航; 范海页; 赵薇; 刘璐瑶; 曹玉祥; 叶长江; 孙恩涛^*

来源：中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 41(02): 163-169.

• 房舍甲螨
• DNA条形码
• 18S rDNA基因
• 28S rDNA基因

目的 比较18S和28S rDNA基因应用于房舍甲螨物种鉴定的有效性及适用性。方法 2021年2—10月在安徽省部分地区（亳州、阜阳、淮南、滁州、合肥、芜湖、铜陵、安庆和黄山等9市）的居室、农舍及仓储等房舍采集灰尘并分离甲螨，利用形态学特征鉴定螨种，提取单只甲螨基因组DNA, PCR扩增甲螨18S rDNA, 28S rDNA D3和D8基因片段并测序。从GenBank下载房舍甲螨基因序列，用MEGA X软件进行序列特征分析和遗传距离计算，并通过ABGD网站进行DNA条形码间隙分析。采用邻接法构建甲螨的系统进化树。结果共采集甲螨53只，经形态学鉴定属于3科5属5种，分别为滑菌甲螨（15只）、盛若甲螨（9只）、新小奥甲螨（10只）、棒梳枝奥甲螨（10只）和间新美奥甲螨（9只）。从该5种甲螨扩增获得18S rDNA、 28S rDNA D3和D8基因单倍型分别为7、 5和11条；从GenBank中共下载房舍甲螨序列42条。序列分析结果显示，18S rDNA、 28S rDNA D3和D8基因长度分别为442～590、 247～331、 270～283 bp, GC含量分别为45.6%、52.2%和57.5%，变异率分别为17.6%、21.4%和21.7%。18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因种内遗传距离平均值分别为0.001、0.001和0.005，种间遗传距离平均值分别为0.064、0.115和0.109，种间遗传距离平均值均大于种内遗传距离平均值（10倍以上）。DNA条形码间隙分析结果显示，18S rDNA和28S rDNA D3基因种内和种间遗传距离存在重叠区，28S rDNA D8基因则存在明显DNA条形码间隙。系统进化树分析结果显示，房舍甲螨科属分类阶元聚类结果与形态学聚类结果一致，金黄缝甲螨和淡红缝甲螨在18S rDNA基因系统进化树显示聚集在一起，无法分开；28S rDNA D3基因系统进化树呈现出交叉类聚。结论18S rDNA、 28S rDNA D3和D8基因能够有效地用于房舍甲螨的物种鉴定，28S rDNA D8基因适合于低分类阶元螨种的鉴定，18S rDNA和28S rDNA D3基因适合于高阶元螨种。

• 单位
  皖南医学院