本发明公开了一种具有抑制α-葡萄糖苷酶活性的麦芽根蛋白水解物及其制备方法。该制备方法包括将麦芽根粉碎过筛、蛋白酶酶解、低温高速离心、过滤分离、大孔树脂吸附、柱层析及冷冻干燥等工艺,得到一种具有抑制α-葡萄糖苷酶活性的麦芽根蛋白水解物。该水解物多肽含量>85%(质量百分比),对α-葡萄糖苷酶的抑制率>55%。本发明提供的制备工艺简单,整个工艺流程均可达食品级要求,可应用于药品、保健品和食品等领域当中。