梅花鹿基因组微卫星分布特征研究

作者：卢凯妹; 王天骄; 董世武; 邢秀梅; 苏伟林^*

来源：特产研究, 2022, 44(06): 8-23.

DOI：10.16720/j.cnki.tcyj.2022.058

• 梅花鹿
• 基因组
• 微卫星
• 分布特征

为深入研究梅花鹿基因组中微卫星结构和特征，开发梅花鹿专用微卫星标记，本研究利用课题组前期测序、拼接和组装得到的梅花鹿基因组序列，搜索并分析了微卫星分布特征。在梅花鹿基因组中1～6 bp碱基微卫星有354 766个，总长度为7 696 656 bp，相对密度为3 229.89 bp/Mb，约占基因组总长度的0.31%。不同类型微卫星拷贝数量占比和大小分别为二碱基（80.33%）>三碱基（9.86%）>五碱基（4.25%）>四碱基（3.64%）>单碱基（1.58%）>六碱基（0.32%）。1～6 bp不同碱基类型微卫星的优势类别分别为A、TG、AGC、AAAT、ACTGA和TTCACT。将微卫星定位到了33条染色体上，分布频率最高的是X染色体，其次是30号染色体，最低的是7号染色体，梅花鹿33条染色体序列长度与所含微卫星数量呈正相关（r=0.99,P <0.000 1）。梅花鹿基因组中16 bp碱基微卫星数量丰富，能够筛选出足够的微卫星标记，用于梅花鹿亲子鉴定、个体识别技术。

• 单位
  中国农业科学院特产研究所