基于全基因组重测序的天麻多态性分子标记开发及特征分析

作者：袁炎; 粟忠祥; 许宇星; 李宏敬; 仇全雷; 徐波; 雷云霆^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-11.

• 天麻
• 重测序
• 简单重复序列
• 插入和缺失
• 单核苷酸多态性

利用不同种质资源开发大量的多态性分子标记，为天麻的遗传多样性、种质鉴定及分子标记辅助育种等研究提供基础。本研究选择主栽的红、乌、黄、绿天麻变型进行全基因组重测序，利用生物信息学软件鉴定SSR、SNP和InDel位点并分析其特征。利用Krait软件从天麻参考基因组中检测到326091个完美SSR位点，相对丰度314.56 loci/Mb，A/T(35.97%)和AT/AT(36.37%)为优势重复基序，主要分布于基因间区(69.40%)和内含子区(28.10%)，其中有17573个SSR位点(5.39%)与基因相关联。然而，使用软件SSR2Marker仅从红、乌、黄、绿天麻变型中各鉴定到64997、66042、66124、46914个有效SSR位点，与参考基因组存在长度差异的SSR位点数分别为7366、10506、6460、23063。利用软件GATK和SnpEff从红、乌、黄、绿天麻变型中分别检测到613033、1020762、506845、18237813个InDel和SNP位点，多数位点分布于基因间区和侧翼序列等非编码区。在此基础上，本研究共开发了1423个多态性SSR位点和9748个多态性InDel位点，其关联基因富集于RNA合成、调控及DNA修复等通路。此外，本研究还开发了在天麻变型中均存在差异的多态性标记，包含320个SSR位点和1062个InDel位点，为天麻不同种质资源的鉴别提供候选分子标记。

• 单位
  西南林业大学