磷酸二酯酶4抑制剂药效团模型的构建

作者：鲍红娟; 张燕玲; 乔延江

来源：中国医药生物技术, 2008, (04): 266-272.

DOI：10.3969/j.issn.1673-713X.2008.04.005

• 磷酸二酯酶抑制剂
• 药物设计
• 中草药
• 数据库

目的构建磷酸二酯酶4(PDE4)抑制剂药效团模型,为中草药的相关虚拟筛选研究提供新的方法。方法以22个具有PDE4抑制活性的化合物作为训练集化合物,其半数抑制浓度(IC50)范围在0.042～23000nmol·L-1。利用Catalyst/HypoGen系统,对训练集化合物进行构象分析,通过对训练集化合物多个构象进行叠合,提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型。结合数据库搜索命中率筛选最优药效团。结果最优药效团模型包含2个氢键受体、1个脂性疏水基团和1个芳香环特征,排除体积数为6个。模型相关系数、Total cost值、Fixedcost值、Null cost值、△cost值和Configuration cost值分别为0.9047、117.7、90.84、180.4、62.7和15.71。利用所得较优模型对MDL药物数据报道数据库进行搜索,该模型的命中已知活性化合物数与命中已知活性化合物总数比值为58.95%。结论利用Catalyst系统构建的PDE4抑制剂药效团具有较好的预测能力,可作为提问结构用于数据库的搜索,有助于中草药中具有抑制PDE4活性的化合物的虚拟筛选研究。

• 单位
  北京中医药大学