Rhodosporidiobolus odoratus菌株GZ2017中真菌病毒的分离和鉴定

作者：张婷婷; 蔡小姚; 滕丽; 刘红美; 尚小丽^*

来源：农技服务, 2020, 37(07): 47-53.

• Rhodosporidiobolus odoratus
• 真菌病毒
• RoTV1
• 基因组分析
• 分类鉴定

为Rhodosporidiobolus odoratus菌株中病毒的鉴定提供参考,从Rhodosporidiobolus odoratus菌株GZ2017中,分离真菌病毒Rhodosporidiobolus odoratus Totivirus 1(RoTV1);获取并解析真菌病毒RoTV1的全长基因组序列;明确真菌病毒RoTV1的病毒学分类学地位。采用随机引物法扩增病毒的全长序列;使用接头引物扩增法获取病毒末端序列;获取的病毒片段通过DNAMAN软件进行拼接;序列同源性搜索使用NCBI网站的在线BLAST程序;使用MEGA7.0软件进行系统进化树的构建。结果表明:成功分离新型真菌病毒RoTV1,其携带3条病毒条带,分别为dsRNA1、dsRNA2和dsRNA3。获得RoTV1的全长基因组序列,其中,dsRNA1序列分析显示具有2个不连续的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),即ORF1和ORF2。ORF1和ORF2分别跟全病毒科(Totiviridae)全病毒属(Totivirus)真菌病毒编码的外壳蛋白(Coat Protein,CP)和RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)具有较高的相似性。ORF1和ORF2之间间隔92个碱基。ORF2有可能通过1个由移码序列(GGAUUUU)启动的-1核糖体移码机制跟ORF1融合成1个大的融合蛋白。对dsRNA2和dsRNA3序列进行分析,未发现编码有意义的大ORF,无已知的蛋白质与dsRNA2和dsRNA3具有序列相似性。此外,dsRNA1、dsRNA2、dsRNA3在菌株GZ2017中非常稳定和相互依赖,推测dsRNA2和dsRNA3可能是dsRNA1的卫星RNA(SatRNA)。另外,基于RoTV1的RdRp和CP序列进行的系统发育分析表明,RoTV1属于Totiviridae科Totivirus属的新成员。

• 单位
  基础医学院; 贵州医科大学