首段肺灌洗液是16S rRNA测序法分析尘肺病患者肺部菌群信息的更优选择

作者:邓冠华; 唐侍豪; 肖芹; 张海; 邝嘉惠*; 王致*
来源:职业与健康, 2023, 39(18): 2461-2473.
DOI:10.13329/j.cnki.zyyjk.20230818.001

摘要

目的 探索基于高通量测序评估首段肺灌洗液对研究尘肺病患者肺部菌群多样性的意义。方法 2021年采集不同尘肺病患者或不同疾病场景各时段肺灌洗液34份,采用十六烷基三甲基溴化铵法提取样本总基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域,对经Illumina NovaSeq测序得到的样本序列进行拼接、标准化质控,并进行生物信息学分析。结果 各样本序列质控有效率达77.13%。较中后段肺灌洗液,首段肺灌洗液门水平物种以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinobacteria)为主,拟杆菌门未被低估,抗炎治疗前后也未被低估。首段和各时段肺灌洗液的物种数和Shannon指数比较,差异均无统计学意义(均P>0.05),各段肺灌洗液的肺部菌群丰富度和均一性特征相似。不同个体首段肺灌洗液物种数和Shannon指数比较,差异均有统计学意义(均P<0.05),首段肺灌洗液可区分不同个体肺部菌群特征。抗炎治疗前后首段肺灌洗液物种数比较,差异有统计学意义(P<0.05);Shannon指数比较,差异无统计学意义(P>0.05),首段肺灌洗液可分辨抗炎场景下肺部菌群特征变化。首段和各时段肺灌洗液Beta多样性比较,差异无统计学意义(P>0.05),各段肺灌洗液的肺部菌群组成相似。个体间和抗炎治疗前后首段肺灌洗液Beta多样性比较,差异均有统计学意义(均P<0.05),首段肺灌洗液可分辨不同干预场景肺部菌群组成的变化,也可反映肺部菌群组成的个体性差异。结论 首段肺灌洗液更灵敏反映尘肺病患者肺部菌群组成信息,是高通量16S rRNA标签测序法分析职业性肺病菌群信息的更优选择。

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