普通野生稻种子萌发的转录组动态研究

作者：杨靖祎; 周雯; 宋志平^*

来源：复旦学报(自然科学版), 2023, 62(03): 381-391.

DOI：10.15943/j.cnki.fdxb-jns.20220809.002

• 普通野生稻
• 种子萌发
• RNA-seq
• 转录因子

普通野生稻是亚洲栽培稻的祖先种，对其种子萌发过程的解析对野生稻资源的挖掘利用有重要促进作用。本研究在表型分析基础上利用转录组测序技术，对吸胀后0 h、2 h、4 h、6 h、8 h、10 h和12 h的普通野生稻种子表达基因进行检测，并与栽培稻转录组数据进行比较分析。研究发现普通野生稻种子萌发过程中有11 853个差异表达基因(Fold change≥2.0)。表达模式可分为5种类型，其中一组在快速吸涨期(PhaseⅠ)到吸涨滞缓期(PhaseⅡ)为独特的瞬时表达模式，并富含转录因子(占该组基因的10.33%)。和栽培稻种子表达基因比较结果表明，植物同源结构域(PHD)和热休克因子(HSF)家族基因在普通野生稻中延后表达，其中5个表达模式不同的HSF家族基因在普通野生稻中得到qRT-PCR验证。进一步分析发现HSF基因通过热激元件(HSE)顺式调控32个差异表达基因的表达，推测它们在普通野生稻种子萌发过程中发挥重要作用。本研究初步明确了普通野生稻种子萌发过程的差异表达基因及转录因子，它们可作为野生稻优异基因利用的参考资源。

• 单位
  复旦大学; 生命科学学院; 中国科学院武汉植物园