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摘要
病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一，在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现，南方番茄病毒（southern tomato virus，STV）在海南多个市县的样品中存在，而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南的发生分布情况，利用RT-PCR技术，对2015年—2021年采集自海南的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测，结果表明：STV在9个市县的142份样品中检测到，早在2015年STV就已经在海南番茄上存在，检出率从2015年（8.82%）到2021（22.45%）呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组，长度均为3446nt，包含2个部分重叠的ORFs，ORF1（147～1280 nt）和ORF2（1048～3336 nt）分别编码p42蛋白（377 aa）和RdRp蛋白（762 aa），5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明，4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%～100%，与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%～99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树均显示：80个STV分离物被明显分为2个组（组Ⅰ和组Ⅱ），组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物；组Ⅱ中除1个亚洲分离外，其它均为欧洲分离物；4个海南分离物被分在组Ⅰ，STV分离物的分组与地域存在一定的相关性，而与寄主不存在相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度比较高的的区域位于881nt—1061 nt和1521—1721 nt，与组Ⅱ分离物基因组序列变异度比较高的的区域位于2041 nt—2241 nt和2761 nt—2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南的分布、发生趋势及遗传多样性，为病害防控提供科学依据。
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