忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及受体系统选择

作者：宋芸^*; 贾孟君; 陈亮; 贺嘉欣; 高建华; 乔永刚

来源：植物生理学报, 2020, 56(11): 2459-2468.

DOI：10.13592/j.cnki.ppj.2020.0023

• 忍冬
• ICE1
• 密码子偏好性
• 系统聚类
• 瞬时表达

为揭示忍冬(Lonicera japonica) ICE1基因密码子使用特性,运用CodonW软件、EMBOSS在线程序分析了其密码子的使用偏好性,与山茶等8种植物的ICE1基因的密码子偏好性进行比较,并进行中性绘图、ENc分析和奇偶偏好偏差分析。结果表明:忍冬ICE1基因密码子偏好以A/T结尾,且密码子使用偏好性较弱; RSCU值分析确定忍冬ICE1基因中有27个高频密码子;系统聚类发现,基于CDS的系统聚类比基于RSCU值的系统聚类更加准确;碱基成分和相关性分析发现ICE1密码子除突变影响外,选择效应也产生了一定的影响;密码子使用频率分析发现,拟南芥和烟草均可作为忍冬ICE1基因的遗传转化受体,酵母菌表达系统较大肠杆菌更适合忍冬ICE1基因的异源表达。忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及瞬时表达验证,能够为该基因的异源表达和分子遗传研究提供一定的基础。

• 单位
  山西农业大学; 生命科学学院