四川省德阳市柯萨奇病毒A组5型基因特征分析

作者：吴晓宇; 何杨; 杨国庆; 曾德军; 刘泉; 童文彬^*

来源：中国病毒病杂志, 2023, 13(04): 299-303.

DOI：10.16505/j.2095-0136.2023.4011

• 手足口病
• 柯萨奇病毒A组5型
• VP1区测序
• 基因特征

目的 分析四川省德阳市手足口病病例中的柯萨奇病毒A组5型（coxsackievirus A5,CVA5）的基因特征，为防控CVA5提供科学依据。方法 对德阳市2013—2021年手足口病监测中收集到的疑似病例咽拭子标本，采用实时荧光聚合酶链反应（real-timefluorogenicquantitativepolymerasechainreaction,Q-PCR）进行肠道病毒核酸检测，选择Q-PCR检测结果 CT值<30的非肠道病毒71型（EV-A71）/柯萨奇病毒A组16型（CVA16）的其他肠道病毒核酸阳性标本，分别进行VP4/VP2区和VP1区基因扩增和核苷酸测序，再用MEGA 7.0. 26软件构建CVA5系统进化树，分析其基因特征。结果 2013—2021年德阳市共收集手足口病疑似病例标本3 115份，经Q-PCR检测非EV-A71/CVA16的其他肠道病毒核酸阳性标本为1314份；选择其中的353份标本进行VP4/VP2区和VP1区核苷酸测序，在280份标本中检测出8种肠道病毒型别，其中10份为CVA5。德阳市10份CVA5标本之间，VP1区核苷酸序列相似性为91.4%～99.8%，推导氨基酸序列同源性96.6%～99.6%；同CVA5原型株比较，核苷酸相似性和推导氨基酸同源性分别为81.3%～82.5%和94.9%～96.6%，有19个位点发生了氨基酸变异。进化树分析显示，德阳市CVA5与绝大多数中国CVA5聚集在一起，均为C1基因亚型3谱系，但分布在3个不同的进化分支中，分支间平均遗传距离为6.2%～6.4%。结论 德阳市10株CVA5均为C1基因亚型3谱系，分布在3个不同的进化分支。CVA5不但能引起手足口病和疱疹性咽峡炎，还会引起急性脑病、急性弛缓性脊髓炎、胃肠炎等疾病，今后应加强CVA5的检测，并开展基因组测序，更全面了解其基因特征。

• 单位
  四川省疾病预防控制中心