基于转录组测序的菜薹SSR分子标记开发及初步验证

作者：奚丹丹; 高璐; 李晓锋; 朱玉英; 朱红芳

来源：分子植物育种, 2022, 1-8.

• 菜薹
• 转录组
• SSR
• 引物

为了分析菜薹（Brassica compestris var. tsai-tai Hort）的遗传多样性。本研究对绿叶绿菜薹、绿叶紫菜薹和紫叶紫菜薹的叶片、叶柄和花薹进行转录组测序，共获得204 175条unigene。利用MISA软件预测出92 169个SSR位点，分布在70 308条unigene上，占总unigene的76.28%。共有154种SSR位点，单核苷酸重复（31.23%）、二核苷酸重复（17.69%）和三核苷酸重复（19.74%）为主要的重复类型。A/T、AG/TC、TC/GA、GAA/TTC和TCT/AGA分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基序。此外，利用Primer 3.0设计SSR引物，以基因组序列作为模板做PCR，并随机挑选80对SSR引物，以紫叶紫菜薹和绿叶绿菜薹为材料进行筛选验证。结果表明53对引物可进行有效扩增，有效扩增率为66.25%。6对引物在102份不同颜色叶片的菜薹和青菜种质资源间具有多态性。以上结果表明，利用转录组测序产生的unigene序列信息开发SSR分子标记是可行的。本研究为菜薹及其近缘种的遗传多样性评价、种质资源鉴定和分子标记辅助育种提供一定的参考。

• 单位
  上海市农业科学院园艺研究所