淞江鲈肝脏组织cDNA文库的构建与部分EST测序

作者：许耀; 刘庆全; 罗武松; 秦志浩; 王金秋

来源：复旦学报(自然科学版), 2015, 54(06): 809-814.

DOI：10.15943/j.cnki.fdxb-jns.2015.06.017

• 淞江鲈
• 肝脏
• cDNA文库
• EST序列

以成年雌性淞江鲈肝脏组织为材料,用TRIzol Reagent试剂提取总RNA.以总RNA为模板,先用逆转录酶合成cDNA第一链,再通过LD-PCR合成cDNA第二链,所得双链DNA分子用SfiⅠ酶切处理后,连接到同样经SfiⅠ酶切处理的改良pUC19载体上,获得重组质粒.将重组质粒导入大肠杆菌DH5α感受态细胞中,建成质粒cDNA文库.经鉴定,该文库库容为1.5×106,重组率为94.5%,平均插入片段长度为1.1kb,插入片段大小分布为0.52.0kb.从文库中随机挑选2 200个克隆进行5’端单向测序,剔除不合格序列后,得2 002条高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列,提交dbEST数据库.经筛选,从这些EST序列中共发现471个基因,分别对其进行了KOG功能分类预测(216个蛋白被注释上21种KOG分类)、KEGG注释(186个基因注释上175个KO,139个基因注释上195个pathway)和GO功能分类注释(312个蛋白被注释上GO分类).

• 单位
  复旦大学; 遗传工程国家重点实验室; 上海四鳃鲈水产科技发展有限公司