基于COⅠ与18S rRNA基因序列的4种肉食螨DNA条形码研究

作者：詹雨娟; 张兰香; 孙梦涛; 李心玫; 王严; 李梦珠; 陶东东; 孙恩涛^*

来源：中国血吸虫病防治杂志, 2021, 33(01): 66-78.

DOI：10.16250/j.32.1374.2020154

• 肉食螨
• 分子鉴定
• COⅠ基因
• 18S rRNA基因

目的基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)与核糖体18S小亚基(18S rRNA)基因序列,分析确定4种肉食螨合适的DNA条形码,从而进一步完善肉食螨DNA条形码数据库。方法 2018年5月—2019年7月于安徽省阜阳、芜湖、铜陵等3市小型面粉作坊采集分离肉食螨样本,经形态学鉴定后,提取单个螨基因组DNA,经PCR扩增、克隆和测序获得COⅠ与18S rRNA基因序列,所获序列进行BLAST比对。结合已报道肉食螨序列,用Clustal X 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并计算遗传距离,采用最大似然法构建系统发育树。结果马六甲肉食螨、转开肉食螨、鳞翅触足螨分子鉴定结果与形态学一致,而Gen Bank中缺少网真扇毛螨相关序列。4种肉食螨COI与18S r RNA基因序列(A+T)分别为69.6%和55.1%,碱基替换数分别为137对和46对。基于COⅠ与18S rRNA基因序列变异位点分析,发现4种肉食螨种间变异位点分别为154～321个和58～99个。4种肉食螨COⅠ与18S r RNA基因序列种内遗传距离均≤0.020,种间遗传距离分别为0.235～0.583和0.078～0.114。基于COⅠ与18S rRNA基因序列的系统发育树显示,4种肉食螨均能各自聚为一支,支持率均达100%,与形态学鉴定结果一致。结论线粒体COⅠ基因序列作为4种肉食螨DNA条形码优于18S rRNA基因序列,更适用于探索肉食螨的属、种低阶元亲缘关系。

• 单位
  皖南医学院