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摘要
为了利用基因芯片对284只未知鹿进行纯种鉴别，同时对1K梅花鹿基因芯片的准确性进行评估。首先根据待测样本（体型、毛色、背线、尾斑、喉斑和臀斑）进行初步鉴别，同时提取284只待测个体的血液基因组DNA，通过1 K梅花鹿基因芯片进行基因分型，剔除检出率小于95%的SNP和个体，删除次等位基因频率小于0.05的SNP，剩余的SNP位点利用R-4.0.2中的prcomp函数进行主成分分析，使用ggplot2包进行作图。根据表型鉴定结果可看出，第1代杂交鹿有48只，第2代杂交鹿个体有50只，梅花鹿有186只，主成分分析发现第1代杂交鹿和梅花鹿分别紧密地聚集在PC1的两端，而第2代杂交鹿较为分散分布在PC1的中间位置，但大体上可以和其他两个群体区分开来，这说明芯片检测结果和表型鉴定结果基本一致，说明芯片的检测结果是准确的，1K梅花鹿基因芯片可以准确地进行梅花鹿种源鉴别。
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单位中国农业科学院特产研究所
