广西地区人类免疫缺陷病毒-1流行毒株 gag基因系统进化和基因变异特征分析

作者：陈荣凤; 梁冰玉; 周波; 赵芳凝; 刘洁; 王洪; 王敏连; 李旭; 叶力; 梁浩^*

来源：中华传染病杂志, 2015, 33(08): 485-489.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1000-6680.2015.08.009

• 人类免疫缺陷病毒-1
• 基因, gag
• 变异(遗传学)

目的了解广西壮族自治区HIV-1流行毒株gag基因分子进化及遗传变异特征。方法收集2011年10月至2012年3月广西地区HIV-1感染者血液样本158份, 采用反转录/套式PCR对HIV-1gag基因片段进行扩增并测序。运用MEGA 5.03构建系统进化树, 并计算gag区及各编码区段的基因离散率和选择压力(globle ω)。两样本基因离散率的比较采用两独立样本t检验, 多个样本的基因离散率比较采用单因素方差分析。结果 158份样本中获得140条gag基因序列, 存在4种亚型:CRF01AE 80份(57.1%), CRF08BC 46份(32.9%), CRF07BC 10份(7.1%), B(B’’)4份(2.9%)。gag基因离散率在CRF01AE亚型为0.036±0.001, CRF08BC亚型为0.031±0.002, CRF07BC亚型为0.043±0.003, B(B’’)亚型为0.102±0.006, 差异有统计学意义(F=220.62, P<0.01)。p17和p24编码区均受到负向选择压力作用, globle ω<1。各亚型p17编码区的globle ω值相近, 差异无统计学意义(F=0.761, P=0.469), p24编码区的globle ω值差异也无统计学意义(F=0.037, P=0.964)。结论广西地区HIV-1亚型以CRF01AE为主, gag基因各编码区段在进化上相对保守, 但HIV-1流行特征的变化可能会影响gag基因的遗传变异, 应继续追踪检测。

• 单位
  公共卫生学院; 广西医科大学