基于RNA测序的SMN1基因缺失型脊髓性肌肉萎缩症的可变剪接差异性分析

作者：林炎鸿; 张梦雅; 曾健^*

来源：国际检验医学杂志, 2021, 42(23): 2861-2865.

• 运动神经元生存基因1纯合性缺失
• 外周血
• RNA测序
• 可变剪接
• 内含子保留
• 外显子跳跃

目的通过分析运动神经元生存基因1(SMN1)基因纯合性缺失型儿童进行性脊髓性肌肉萎缩症(SMA)患者和SMN1基因拷贝数正常对照外周血淋巴细胞表达谱,研究SMN1基因缺失对可变剪接的影响。方法利用转录组测序对患者组与正常对照组进行表达谱测序,用rMATS软件对RNA-seq数据进行可变剪接事件差异分析,筛选出患者组与正常对照组中差异的外显子跳跃和内含子保留事件,通过在线工具NovoMagic v3.0对这些差异可变剪接体进行基因功能和代谢通路富集分析,实现个性化分析和作图,同时用NCBI数据库对这些基因进行注释。结果 (1)SMN1基因纯合性缺失可导致外周血淋巴细胞mRNA可变剪接及其表达量发生变化;(2)外显子跳跃差异基因主要影响核糖核蛋白组装、胞内转运、翻译、乙酰化修饰、线粒体能量代谢及泛素化调控的降解通路;(3)内含子保留差异基因除参与泛素化调控、内吞、翻译、线粒体能量代谢外,同时还调节细胞骨架和代谢酶活性相关乙酰化修饰。结论 SMN1基因纯合性缺失能够改变部分基因的可变剪接,进而影响相关蛋白的合成、组装和降解,最终导致蛋白质稳态失衡,为SMA的发病机制提供新的线索。

• 单位
  福建医科大学; 厦门大学附属东方医院