脏腑别通理论首见于《医学入门》,它并非指传统意义上相表里的脏腑关系,它在基于三阴三阳开阖枢理论的基础上,提出了不同于脏腑阴阳相表里的另外一种关联方式,丰富了脏腑之间的关系和藏象学说的理论内容。最早该理论应用于针灸学领域,在针灸学中得到了疗效的佐证。近年来,随着对脏腑别通理论的探索,发现其临床应用不止局限于针灸方面,已经逐步扩展到内科疾病的中药治疗上。文章从该理论的起源及发展到临床应用的基本情况进行综合概述,挖掘该理论的临床治疗依据,从而拓展临床诊治思路。