牛樟EST-SSR标记的开发及遗传多态性分析

作者：郭莺^*; 孟红岩; 林文珍; 林志楷; 刘黎卿

来源：热带作物学报, 2018, 39(08): 1561-1569.

• 牛樟
• EST-SSR
• 标记开发
• 遗传多态性

本研究通过测序牛樟叶片cDNA获得17 046条Uni-EST,从中检测出1 316个SSR位点,平均每25.7 kb EST含1个SSR位点。功能注释发现1242条SSR-EST中有690条可被划分为3大功能类、18个功能亚类。牛樟EST-SSR二核苷酸重复类型出现频率最高,三核苷酸次之。184类重复基序中AG/CT出现频率最高(32.4%),其次为AAG/CTT(9.3%)。从1 242条SSR-EST设计SSR引物537对,随机选取150对检测牛樟的多态性及在香樟、大叶樟和沉水樟中的可转移性。结果表明,有44对引物在牛樟中得到特异性扩增,其中17对具有多态性,检测出的等位基因数27个,平均3.02个。牛樟SSR标记在香樟、沉水樟和大叶樟的可转移率分别为97.7%、97.7%和95.3%。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.76处,14个樟属植物能被划分为5类,聚类结果与植物学分类结果基本吻合。

• 单位
  福建省亚热带植物研究所