新冠肺炎疫情防控中应急审计的风险包括项目和人员性风险、程序和方法性风险、数据和分析性风险。审计风险的形成原因,主要是"双线作战"造成的人力资源调配紧张、对原则性和灵活性的处理不当、信息化建设落后和大数据应用能力不足。突发公共卫生事件中应急审计的风险防控对策包括健全法规和预案、统筹审计组织、重置审计方式及流程、加强信息化建设。