四种常用高通量测序拼接软件的应用比较

作者：朱大强; 李存; 陈斌; 姜焕焕; 江晓芳; 安小平; 米志强; 陈禹保; 童贻刚

来源：生物信息学, 2011, (02): 106-112.

• 第二代测序
• 从头拼接
• Velvet
• ABySS
• SOAPdenovo
• CLC Genomic Workbench Next-Gen sequencing
• de novo assembly
• AbySS
• CLC Genomic Workbench

新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果。本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、AbySS、SOAPdenovo和CLC Genomic Workbench分别对本试验室分离的一株噬菌体IME08的高通量测序结果进行拼接,介绍这几种拼接软件的安装使用及参数优化,并对不同软件的拼接结果进行比较,针对不同的拼接软件得到优化的拼接参数,可为其他研究人员使用上述软件提供参考借鉴。

• 单位
  北京市计算中心; 病原微生物生物安全国家重点实验室; 军事医学科学院