刑事制裁、民事赔偿与生态补偿是我国目前三条相互独立的追究有关主体生态环境保护修复责任的司法路径。这三条路径各有特点,在司法实践中分别发挥着不同作用。然而,因体系化整合工作的缺失,这三条路径在实践中尚存在衔接不畅之处,表现为程序法之间的不一致性、实体法与程序法之间的不一致性、非讼治理与诉讼治理之间的不一致性。据此,应当从管辖确定、审判次序、证据转化、认罪认罚和责任承担入手对生态环境保护修复责任制度进行体系化考量,探讨这三条路径的衔接机制,以期建立三位一体的生态环境保护修复责任制度。