本发明公开了一种多通道增益可控的光电检测系统及其方法,包括:n个PMT模块、n个电流放大器、多通道增益调节子系统和采集子系统,PMT模块将光信号转换为电流信号,电流放大器将电流信号放大并转换为电压信号,多通道增益调节子系统通过主FPGA模块完成对电压信号的采集,并计算光电检测系统增益调节控制电压,从FPGA模块完成对增益调节控制电压的输出,最后由采集子系统对光电检测系统电压信号进行显示和保存。本发明能自适应调节多通道光电检测系统的增益,从而能实现对不同量级检测信号的最优化处理。