建立城乡发展一体化机制是湖南省"十三五"规划的一个重点工作,而城乡一体化的推进必然会打破农村自治原有体系,给村民自治带来困境。通过问卷调查对湖南省贫困地区130个村庄村民进行调查,发现在新型城镇化进程中,贫困地区村民自治出现实际参与率低、乡(镇)政府干预过度、行政化倾向明显、宗族家长影响严重、村干部能力不足、参与主体弱化等困境。针对这些困境,可以从村民自治制度体系、村民素质、村干部能力、信息化技术等方面提升村民自治的有效性。