基于生物信息学数据库分析肾透明细胞癌SKA1表达及临床意义

作者：韩静; 袁帅; 蒲艳; 柳惠斌^*

来源：国际肿瘤学杂志, 2020, 47(10).

• 肾肿瘤
• 预后
• 计算生物学
• SKA1

目的探讨纺锤体和动粒相关蛋白复合体亚基1(SKA1)在肾透明细胞癌中的表达及临床意义。方法收集2018年1月至2018年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院就诊的76例肾透明细胞癌患者术前和24例健康体检者的静脉血液标本, 利用实时荧光定量PCR检测患者全血中SKA1的水平, 分析SKA1的水平与临床病理特征的关系。挖掘Oncomine(v4.5)、The Human Protein Atlas(THPA)基因数据库、The Cancer Genome Atlas(TCGA)门户网站(cBioportal)和Gene Expression Omnibus(GEO)中关于SKA1的信息, 基于cBioportal数据库中的肾透明细胞癌数据采用Kaplan-Meier法进行生存分析, log-rank检验进行生存率的比较, χ2检验分析SKA1水平与临床病理特征的关系。采用ROC曲线评价SKA1 mRNA在肾透明细胞癌中的诊断价值, 并采用KOBAS 3.0版在线工具对SKA1基因进行富集分析。结果 Oncomine(v4.5)数据库中检索到2项关于SKA1 mRNA在人肾透明细胞癌组织中表达水平的研究, 共38个样本, 分析结果显示人SKA1 mRNA在肾透明细胞癌组织中呈高表达, 进一步检测发现, 与正常肾组织相比, SKA1 mRNA在肾透明细胞癌组织中的表达水平显著升高[-2.21(-3.56, -1.59)vs. -3.41(-4.55, -1.65)], 差异具有统计学意义(Z=2.282, P=0.022)。利用THPA在线网站分析表明, SKA1蛋白在肾癌组织中呈明显中等强度染色, 而在正常肾组织中极少部分弱阳性表达或不表达, SKA1主要定位于细胞质膜, 这一检测结果与mRNA分析结果一致。cBioportal数据库分析结果表明, SKA1表达水平与AJCC分期(χ2=21.352, P<0.001)、T分期(χ2=19.967, P<0.001)、N分期(χ2=11.323, P=0.003)及M分期(χ2=27.248, P<0.001)显著相关。76例肾透明细胞癌患者外周血SKA1的水平为0.301±0.147, 健康体检者为0.162 ± 0.052, 差异具有统计学意义(t=7.360, P<0.001), 其水平与AJCC分期(t=2.445, P=0.017)和淋巴结转移(t=2.242, P=0.028)相关, 该结果与cBioportal数据库中组织分析结果相符。生存分析显示, cBioportal数据库中, 肾透明细胞癌患者SKA1 mRNA的表达水平与总生存率和无瘤生存率相关(χ2=22.440, P<0.001;χ2=23.830, P<0.001)。GEO数据库中, 肾透明细胞癌患者的SKA1 mRNA的表达水平与总生存率无关(χ2=0.241, P=0.632)。cBioportal数据库中ROC分析结果显示, 选取诊断界值为-0.944时, SKA1 mRNA诊断肾透明细胞癌的敏感性为100%, 特异性为98.7%, ROC曲线下面积(AUC)为0.991, 95%CI为0.972～1.000。对76例肾透明细胞癌患者进行ROC分析结果显示, 当诊断界值为0.235时, 外周血中SKA1水平诊断肾透明细胞癌的敏感性为75.0%, 特异性为95.8%, AUC为0.837, 95%CI为0.761～0.914。KOBAS富集分析结果显示, SKA1高表达样本主要富集在染色体着丝粒、微管聚合与解聚调节、有丝分裂纺锤体检查点等基因集。结论 SKA1高表达于肾透明细胞癌组织中, 并与患者预后显著相关, 可作为肾透明细胞癌的诊断指标及潜在的治疗靶点。

• 单位
  新疆医科大学附属肿瘤医院