基于简化基因组测序技术的甘薯HRM分子标记开发及其应用

作者：冯俊彦; 郎涛; 张聪; 李明; 青莉芳; 屈会娟; 蒲志刚; 康乐

来源：核农学报, 2022, 36(07): 1350-1361.

• 甘薯
• 简化基因组测序
• 单核苷酸多态性
• 分子标记开发

目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少。为开发甘薯特异SNP分子标记，本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序，筛选稳定的SNP位点，将其开发为基于HRM技术的分子标记，并在甘薯种质材料中进行验证。通过对23个甘薯种质材料简化基因组测序数据的分析，共发现835 756个SNP多态性位点，筛选其中的3 650个含有SNP多态性位点的高质量测序片段，成功设计了134对引物；初步验证发现，22对(16.42%)引物没有扩增产物，15对(11.19%)引物扩增产物2个以上，36对(26.87%)引物的扩增产物没有差异。61对(45.52%)引物在8个样本中的扩增特异性好，而且样本之间有差异。最后筛选34对扩增多态性丰富的引物对52份甘薯种质材料进行扫描，发现材料间多态性介于27.27%～90.91%之间，平均多态性达到59.35%。聚类分析表明，参试52份甘薯种质材料之间的差异较小，多数材料与骨干亲本南瑞苕、徐薯18之间关系较近，国外引进甘薯材料和地方品种差异较大。建议在今后甘薯育种中尽量选用地方品种和国外甘薯品种，从而更好地拓宽甘薯遗传背景。本研究初步建立了基于简化基因组技术和HRM技术开发甘薯SNP分子标记的新思路，为今后甘薯SNP分子标记开发提供了参考。同时本研究开发的甘薯分子标记，丰富了甘薯分子标记类型，为甘薯研究者开展快速的分子标记研究提供了支持。

• 单位
  四川省农业科学院生物技术核技术研究所; 环境科学与工程学院; 西华师范大学