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摘要
分别采用基于复合酶+化学裂解(BTK)和玻璃珠+SDS(十二烷基硫酸钠)裂解(PS)的试剂盒法及基于溶菌酶裂解的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法3种方法提取活性污泥基因组DNA,以所得DNA质量浓度、纯度和细菌16S rRNA基因丰度为考察指标对各提取方法进行评价,以确定提取活性污泥DNA的最适方法。结果表明,CTAB法所得DNA质量浓度(496.31 715.3μg/m L)显著高于其他两种试剂盒法,BTK试剂盒法所得DNA纯度(A260/A280>1.76,A260/A230>1.9)高于其他两种方法。实时荧光定量PCR结果表明,3种方法提取的DNA样品均能在稀释500倍时作为模板对细菌16S rRNA基因丰度进行定量分析;其中CTAB法所能得到的基因丰度最高(1.9×1081.4×1010copies/g),显著高于BTK试剂盒法(3.7×1068.6×106copies/g)和PS试剂盒法(7.1×1061.3×107copies/g)所得。因此,从定量PCR的结果来看,CTAB法获得的DNA模板可得到更高的细菌16S rRNA基因丰度,与该方法获得的较高DNA产率一致;由于该方法所得DNA纯度不高,进行定量PCR分析时可通过较高倍数稀释得到解决。同时CTAB法所需试剂均为常用生化试剂,方便获得且价格低廉,优先推荐。
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