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摘要
近缘物种基因组间保留了祖先的大量信息,具有较好的保守性。通过比较近缘物种的基因组序列可以获得大片段的共线性区域,而这些区域内包含了丰富的同源信息,可用来发现未知基因、改善基因组注释的质量。本研究中,首先,借助同样的基因组注释平台对它们进行了基因组注释。其次,通过比较两个全基因组序列获得共线性信息,然后基于共线性信息对他们的基因组注释进行改善。最终,在野生黄瓜中新注释出了909个基因,栽培黄瓜中新注释出了853个基因。结合野生与栽培黄瓜的转录组信息,在野生黄瓜中发现了87例开放阅读框(ORF)较长的基因被错误注释成多个ORF短基因,40例多个ORF较短的基因被过度预测成单个长ORF基因;相应地在栽培黄瓜中分别确定了166例和36例错误注释。
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单位重庆邮电大学; 中国生物技术发展中心
