美洲水貂DQA基因全长cDNA克隆及其生物信息学分析

作者：于振兴; 孟冬梅; 荣敏; 姜莉莉; 樊兆斌^*

来源：吉林农业大学学报, 2021, 43(03): 369-375.

DOI：10.13327/j.jjlau.2019.4937

• 水貂
• DQA基因
• 克隆
• 生物信息学

参考NCBI GenBank中上传的雪貂、海獭DQA基因序列设计出RT-PCR扩增引物,克隆了美洲水貂DQA基因全长cDNA序列;利用生物信息学软件构建了DQA基因系统进化树,预测了DQA蛋白结构与功能。结果表明:DQA基因全长cDNA序列大小为1 147 bp, ORF序列为768 bp,编码255个氨基酸,存在23个氨基酸的信号肽序列;DQA蛋白第236位氨基酸疏水性最强,53位氨基酸亲水性最强,218～240氨基酸可能为跨膜区域;蛋白质二级结构存在3个α-螺旋区和14个β-折叠区,处于无规则卷曲状态。获得了一个DQA蛋白三级结构模型,覆盖范围为25～208氨基酸;系统进化树表明,美洲水貂与欧洲雪貂亲缘关系最近,与家马关系最远。该研究结果为进一步阐明水貂DQA基因和蛋白的结构与功能提供了一定数据基础。

• 单位
  分子生物学国家重点实验室; 菏泽学院; 中国农业科学院特产研究所