阐述了分子动力学模拟的理论基本、模拟条件、模拟应用以及钻研的重点目标。介绍了MD计算的发展,并给出了分子动力学模拟中相关的运动方程和定理、有限差分算法、分子动力学模拟应用发展的主要过程。并且阐述了分子动力学模拟的初始条件、周期性边界、长程作用力以及系综等。