破解关键核心技术难题、有的放矢培养国家战略人才、推动经济社会高质量发展等一系列强国战略需求，迫切需要扭转高校“创新孤岛”倾向。高校“创新孤岛”问题精准治理应在突破“条块分割”壁垒的框限、增强高校面向社会自主办学能力、扭转学术评价“内循环”取向上着力。健全超越“条块关系”的跨部门行政协调机制、优化高校吸收社会参与和面向社会办学的治理体系架构、突出高校学术评价解决实际问题的导向，并依托区域高等教育一体化协同发展积累“创新孤岛”治理试点经验，是高校“创新孤岛”治理的实现途径。
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