中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)全基因组微卫星分布特征研究

作者：徐杰杰; 毕宜慧; 程景颢; 邢秀梅; 暨杰; 王涛; 尹绍武^*; 张凯^*

来源：基因组学与应用生物学, 2021, Z2: 2422-2429.

DOI：10.13417/j.gab.040.002422

• 中华绒螯蟹
• 微卫星
• 全基因组
• 分布规律

本研究利用MISA软件对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)全基因组微卫星进行了筛选并对其分布特征进行了深入分析。结果显示：在中华绒螯蟹全基因组中，共筛选出886 782个完整型微卫星，相对丰度为572个/Mb。总长度为14 620 825 bp，占全基因组序列长度的0.94%，相对密度为9 438 bp/Mb。在六种完整型微卫星中，单碱基微卫星的数目最多，共有595 093个，占基因组中微卫星总数的67.11%；其他依次为二碱基(19.28%)、三碱基(11.73%)、四碱基(1.56%)、五碱基(0.30%)和六碱基(0.03%)类型微卫星。中华绒螯蟹全基因组中前十种优势微卫星分别为A,AC,AG,AGG,C,AT,ACT,ACC,AAT和AAG。本研究为深入研究中华绒螯蟹基因组特征以及进一步开发微卫星引物等提供了数据支持。

• 单位
  南京师范大学