基于宏基因组高通量测序分析1起聚集性新型冠状病毒感染疫情的基因组及传播特征

作者：杨玉荣; 万寒兵^*; 康耀霞; 彭景贤; 高蒙; 刘欣; 郭晓奎; 朱泳璋

来源：中华地方病学杂志, 2023, 42(02).

• 新型冠状病毒感染
• 聚集性病例
• 宏基因组高通量测序
• 基因特征

目的分析包头市新型冠状病毒感染者的病毒基因组序列, 了解新型冠状病毒在病例间传播过程中基因组的突变特征, 探索新型冠状病毒在聚集性人群中的传播规律。方法采集2020年1月25日至2月21日包头市确诊的10例新型冠状病毒感染者的9份咽拭子样本(1 ～ 7、9、10号), 2份痰液样本(8、11号, 11号样本来自10号病例)及1份物表涂抹物样本(12号, 来自10号病例), 1、3号样本为单发病例样本, 其余样本为聚集性病例样本。采用宏基因组高通量测序(mNGS)进行病毒基因组测序, 与新型冠状病毒参考毒株NC045512序列比对筛选单核苷酸多态性(SNP)突变位点;并结合流行病学相关信息, 进行基因突变、病毒分型和进化溯源分析。结果病毒基因组mNGS结果显示, 与参考毒株NC045512序列比对, 12份样本共检出76个SNP突变位点, 突变类型包括转换3个(3.95%)、颠换73个(96.05%);包含19个(25.00%)同义突变和57个(75.00%)非同义突变。核苷酸及氨基酸变异位点分析结果显示, 在全部聚集性病例(2、4 ～ 10号病例)中, T2821C、C6548T、T16464C、G16858A、T251C 5个位点均出现突变;单发病例1号样本在C9245T和A15340T位点、3号样本在C13T位点出现突变。病毒分型分析结果显示, 1、3号样本均属于新型冠状病毒L型, 其余样本均属于新型冠状病毒S型。基因组进化关系分析结果显示, 所有样本可分为2个分支, 1、3号样本分支属于单发病例, 其余样本分支属于家庭聚集性病例。结论包头市新型冠状病毒感染聚集性病例基因组特征与流行病学调查结果基本吻合, 病毒的传播主要与近距离接触和家庭聚集有关。

• 单位
  包头市疾病预防控制中心; 上海交通大学