暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查

作者：张雯雯; 喻伟峰; 张宇飞; 许伟鹤; 张鑫宇; 王涛; 尹绍武; 张凯^*

来源：西北农林科技大学学报(自然科学版), 2023, 51(12): 18-28.

DOI：10.13207/j.cnki.jnwafu.2023.12.003

• 暗纹东方鲀
• 5-羟色胺受体4
• 基因克隆
• 单核苷酸多态性
• 动物育种

【目的】明确暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)5-羟色胺受体4(5-hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)的分子结构、表达特征和功能，并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法，分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域，将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列，对其进行生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR技术，分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布，以及其在卵巢5个不同发育时期(Ⅰ～Ⅴ期)的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式；利用Sanger测序法，筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2 302 bp,开放阅读框长度为1 170 bp,共编码389个氨基酸，包含5个外显子；氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高(99.53%),亲缘关系最近；三维结构预测显示，HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明，HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达，其中在脑组织表达量最高，其次是中肠，肌肉组织表达量最低；HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达，其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明，暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1 202 bp处存在1个同义突变SNP位点(c.1202 C>G),关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关(P<0.05),其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用，可作为优良候选基因，在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。

• 单位
  南京师范大学