基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测

作者：周秀娟; 何逸尘; 张利达; 崔妍; 史贤明^*

来源：微生物学报, 2023, 1-15.

DOI：10.13343/j.cnki.wsxb.20230523

• 细菌耐药
• 耐药数据库
• 生物信息学
• 耐药基因识别
• 耐药表型预测

利用基因组数据来快速鉴定耐药基因，结合生物信息学分析方法来预测耐药表型已成为细菌耐药状况监测的重要辅助手段。目前已有的数十个耐药数据库及其分析工具为细菌耐药基因的识别及其表型的预测提供了数据信息和技术手段。随着细菌基因组数据的持续增加以及耐药表型数据的不断积累，大数据和机器学习能够更好地建立耐药表型与基因组信息之间的相关性，因此，构建高效的耐药表型预测模型成为研究热点。本文围绕细菌耐药基因的识别和耐药表型的预测，针对耐药相关数据库、耐药特征识别理论与方法、耐药数据的机器学习与表型预测等方面展开讨论，以期为细菌耐药的相关研究提供手段和思路。

• 单位
  微生物代谢国家重点实验室; 上海交通大学; 上海健康医学院; 公共卫生学院