放射性小鼠肺纤维化基因表达谱生物信息学动态分析

作者：邹观莲; 陈娟; 王艳阳^*; 赵仁

来源：宁夏医科大学学报, 2019, 41(06): 577-583.

DOI：10.16050/j.cnki.issn1674-6309.2019.06.008

• 放射性肺纤维化
• 基因芯片
• 生物信息学分析
• 差异表达基因
• 时间点

目的探讨放射性肺纤维化(RILF)形成过程中基因表达谱的变化。方法从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共基因芯片数据平台(gene expression omnibus,GEO)下载RILF相关的时间序列基因表达数据。通过信号通路数据库(kyoto encyclopedia of genes and enomes, KEGG)进行信号通路富集分析,并通过蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络分析获得RILF发生过程中的关键基因。结果在每个时间点分别鉴定不同数量的上调、下调的差异表达基因(DEGs),其中,不同时间点上调的DEGs主要在泛素介导的蛋白质水解、造血通路、昼夜节律、细胞因子受体相互作用等通路显著富集。在下调的DEGs中,不同时间点富集的通路主要为cGMP-PKG信号通路、细胞外基质受体相互作用、唾液分泌和肿瘤相关通路。在照射后第8周这个时间点可以筛选到数量最多的关键基因。这些关键基因中139个属于上调表达,57个属于下调表达。第8周上调表达的关键基因主要在免疫调节、防御反应及细胞活化过程中发挥作用。下调的关键基因主要在细胞周期、细胞分裂及染色体分离过程中发挥作用。结论 X射线照射(2.61Gy·min-1)第8周可能是小鼠RILF发病过程中的关键时期,肺脏基因表达谱随时间变化而明显不同。

• 单位
  宁夏医科大学; 宁夏医科大学总医院