基因集富集分析探讨HER2基因对胃癌代谢的影响

作者：刘虎^*; 吴思浛; 包楚阳; 李文娟; 周守兵; 金伟

来源：安徽医科大学学报, 2020, 55(09): 1339-1349.

DOI：10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.09.005

• 胃癌
• 癌症基因组图谱
• 基因集富集分析
• 人类表皮生长因子受体2
• 京都基因与基因组百科全书
• 代谢

目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。

• 单位
  安徽省肿瘤医院; 中国科学技术大学; 安徽医科大学第一附属医院