双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选

作者：王且鲁; 刘奕; 宋红梅; 汪学杰; 刘超; 牟希东; 胡隐昌; 罗建仁

来源：淡水渔业, 2016, 46(06): 8-13.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.2016.06.002

• 双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)
• 转录组
• EST-SSR

利用MISA软件对双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)性腺转录组测序获得的188 461条Unigene进行SSR检测,结果在11 917个Unigene中共检测到SSR位点12 578个,其中包含2个及以上SSR位点的Unigene有633个。SSR的发生频率为6.32%,平均分布距离为9 949 bp。在筛选到的SSR位点中,优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,其中二核苷酸重复基序数量最多,占总数的50.52%。重复基元类型共216种,其中数量最多的类型为二核苷酸重复AC/GT,占总数的20.66%。从所有筛选出的SSR位点中随机选取50个位点并运用Primer Premier 5.0设计引物,共有25对引物成功扩增出特异性产物,并且均在同科的美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)的三个亚种中通用。结果表明,转录组测序产生的EST序列是开发SSR标记的有效来源,开发所得EST-SSR引物可用于双须骨舌鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作中。

• 单位
  中国水产科学研究院珠江水产研究所; 农业部; 生命学院; 上海海洋大学