生物关系重建是生态农业景观中在生态层面和群落层面的重点和核心,但在目前的农业景观设计中被忽略、被简化。通过景观生态学中物能流动、食物链食物网理论为依据,分析生物关系重建。以作物为核心的生物关系重建为例,通过与土壤动物、大型动物、作物、木本植物乔灌草、微生物等建立良好的生物关系,改善作物的养分、控制作物的病虫害、提高物质流和能量流的代谢效率和流通通道数量,从而促进生态农业景观的生态效益最优化。