光化性角化病与皮肤鳞状细胞癌差异表达基因和通路的生物信息学分析

作者：秦思; 黄舒婷; 温炬^*; 李华润; 郑晓欢; 郑荣昌; 李婷

来源：皮肤性病诊疗学杂志, 2020, 27(04): 247-252.

• 生物信息学
• 光化性角化病
• 皮肤鳞状细胞癌
• 差异基因
• 发病机制

目的:通过生物信息学分析的方法探究光化性角化病(AK)向皮肤鳞状细胞癌(cSCC)发展过程中可能起重要作用的关键基因和通路。方法:从GEO数据库中获取GSE32979和GSE45216数据集,共比较23个AK组织和43个cSCC组织。运用DAVID数据库对差异基因进行基因本体论(GO)分析以及基因组百科全书关键通路(KEGG)分析,建立差异基因的蛋白互作网络,获取枢纽基因和重要的模块。结果:研究发现了AK和cSCC中40个上调差异基因和35个下调差异基因。KEGG通路分析显示这些差异基因主要富集在黏着斑、肥厚型心肌病、上皮细胞的细菌入侵等通路。此外研究建立的PPI网络包含了80个节点以及10个枢纽基因(SERPINE1、 ACTN1、 ITGA5、 MMP1、 CXCL1、 PLAUR、 GRB2、 MMP10、 TSG101、 VPS37B)。结论:本研究发现的枢纽基因和关键通路可能是AK向cSCC发展机制中可以进行干预的新靶点。

• 单位
  南方医科大学; 第二临床医学院; 广东省第二人民医院