基于转录组学测序的长白落叶松材性表达基因

作者：赵佳丽; 张磊; 张素芳; 王艳红; 张含国

来源：东北林业大学学报, 2016, 44(04): 8-12.

DOI：10.13759/j.cnki.dlxb.20160118.002

• 长白落叶松
• 转录组
• 高通量测序
• 材性基因

基于边合成边测序(Sequencing By Synthesis,SBS)技术,使用Illumina Hi Seq2500高通量测序平台对长白落叶松c DNA文库进行测序。共获得非重复序列基因58 683条,总长度为55 283 938 bp。将得到的转录本使用BLAST软件将非重复序列基因序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG数据库比对,通过选择BLAST参数Evalue不大于10-5,最终获得29 350个有注释信息的基因序列,其中19 292个转录本注释GO编号,有9 112个转录本在COG数据库中被注释并分为25个功能分类,同时注释到120条KEGG代谢途径。在得到注释的转录本中搜索到木质素相关基因共68条,其中与木质素合成相关基因29条,与木质素分解代谢相关基因27条;找到了147条纤维素相关基因,其中与纤维素合成相关基因103条,与纤维素分解代谢相关基因44条。

• 单位
  东北林业大学; 林木遗传育种国家重点实验室