基于16S rDNA序列分析天疱疮患者皮肤菌群的变化

作者：李丽莉; 孙秀坤^*; 沈宏

来源：中华皮肤科杂志, 2021, 54(03).

• 天疱疮
• 葡萄球菌属
• 皮肤菌群
• 微生物组
• 16S rDNA测序
• 功能预测

目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮(PV)患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照,取皮损旁(PV组)及对侧无皮损处皮肤菌群样本(PVn组),正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术,对所有样本的菌群基因进行测序与分类,通过Usearch软件对数据聚类分析,得到可操作分类单元(OTU),获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性,使用主坐标分析法(PCoA)分析β多样性。采用线性判别分析效应量(LEfSe)分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验,3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个,3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主,在属水平上,PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高,正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示,3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义(均P< 0.05),PV组Shannon指数(3.24±1.30)和Simpson指数(0.70±0.19)均低于正常对照组(P< 0.05)。PCoA分析显示,3组间β多样性差异无统计学意义(P=0.054)。秩和检验显示,3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个,其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组,PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等;短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示,与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论 16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究,证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

• 单位
  杭州市第三人民医院皮肤科