芒果果实bHLH家族转录因子的生物信息学分析

作者：郑斌; 文定青; 武红霞^*; 邹明宏; 刘恒; 王松标; 赵巧丽

来源：热带作物学报, 2019, 40(02): 289-299.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2019.02.012

• 芒果
• bHLH家族
• 转录因子
• 生物信息学

bHLH家族作为植物中较大的转录因子家族之一,在真核生物生长发育调控中具有重要作用。本研究基于芒果果实转录组数据,利用生物信息学方法鉴定出87个bHLH家族蛋白,其中酸性蛋白所占比例较大,大部分为不稳定蛋白,且均为不含信号肽的亲水性蛋白,除CL10714.Contig1为膜结合转录因子外,其余均不含跨膜结构。芒果bHLH蛋白结构域有多个氨基酸位点保守性较高,87个芒果bHLH蛋白中73个(83.91%)具有E-box结合功能。GO分析发现芒果bHLH蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的17个亚类。进化树分析发现芒果bHLH蛋白与拟南芥有较高的保守性,并基于进化树对部分bHLH蛋白的功能进行了预测。本研究结果将为下一步芒果bHLH蛋白的功能研究奠定基础。

• 单位
  中国热带农业科学院南亚热带作物研究所