SSR标记的开发在苹果遗传多样性中的应用

作者：苏艳丽; 毛娟; 马宗桓; 何红红; 卢世雄; 王萍萍; 陈佰鸿^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(22): 7450-7457.

DOI：10.13271/j.mpb.018.007450

• 苹果(Malus pumila Mill)
• 转录组-SSR
• 分子标记
• PCR扩增
• 遗传多样性

本试验从苹果(Malus pumila Mill)转录组数据库中挖掘SSR标记,发现其SSR标记类型共有六种,分别为:单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,其中频率较高的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸。从41 890条苹果无冗余转录组序列中共搜索到了1 803条至少含有1个SSR的序列,占转录组的4.30%。高频重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,其中数量最多的是A/T,其次是AG/CT和GAG/CTC,共占SSRs的98.23%。该试验共设计了20对引物,分别对20份苹果材料进行PCR扩增。结果显示:20对引物均能扩增出条带,平均扩增条数为2.7。并对供试的20份苹果品种进行了聚类分析,结果与形态学及生物学分类基本一致,证明品种间亲缘关系的远近具有一定的规律,栽培品种与砧木品种的种间亲缘关系较远,而栽培种和砧木品种的种内亲缘关系较近。另外,本研究为杂交育种挑选合适的亲本,杂交育种以及培育作物新品种提供了一定的理论基础。

• 单位
  甘肃农业大学