湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析

作者:舒嘉傲; 曹少先; 孟春花; 钱勇; 张俊; 张建丽; 丁强; 李隐侠*; 李齐发
来源:南京农业大学学报, 2023, 1-11.

摘要

[目的]本文旨在研究 lncRNA-269序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5’/3’ RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利用RT-qPCR方法鉴定其在湖羊组织中的表达模式,并利用PCR方法扩增其启动子区,鉴定其启动子区特征,分析其转录调控情况。[结果]湖羊lncRNA-269全长3 146 bp,组织表达谱显示其在湖羊各组织中广泛表达,且在健康卵泡中显著高表达, 其表达水平与NR5A1 mRNA水平和血清中E2水平呈正相关。荧光素酶活性分析发现在其启动子区的-359 nt ~ -17 nt之间有一个转录激活基序,在-1 485 nt ~ -941 nt之间有一个转录抑制基序。JASPAR软件预测发现在lncRNA-269转录抑制启动子区域存在FOXO3、PDX1等转录因子结合位点,在转录激活区域有SMAD4、YY1等转录因子结合位点。过表达SMAD4可显著提升lncRNA-269启动子区荧光素酶活性,染色质免疫沉淀(ChIP)试验进一步确认了SMAD4特异性与lncRNA-269启动子区结合。[结论]湖羊lncRNA-269在健康卵泡中显著高表达,其启动子区存在一个转录激活区域和一个转录抑制区域,转录因子SMAD4可通过与lncRNA-269启动子区结合显著上调lncRNA-269的启动子活性。