2020-2022年深圳地区柯萨奇病毒A6的流行病学与分子特征分析

作者：黄小丽; 陈龙; 姚相杰; 孟君; 周莎; 刘婉秋; 张玉萍; 何雅青; 胡贵方

来源：病毒学报, 2024, 40(01): 106-114.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004421

• HFMD
• CVA6
• VP1基因
• 分子流行病学

了解COVID-19流行期间（2020-2022年）深圳地区手足口病（Hand,food and mouth disease,HFMD）优势病原体柯萨奇病毒A6(Coxackieviurs A6, CVA6)的流行情况以及其VP1区的分子特征，为有效预防HFMD提供科学依据。2020-2022年深圳市疾病预防控制中心收集手足口病哨点监测病例样本共1 733份。采用实时荧光RT-PCR方法对标本进行肠道病毒核酸检测。随机挑选分布于不同月份经RT-PCR判定为CVA6阳性的样本共108例进行VP1全长基因序列扩增和测序。使用生物信息学软件对CVA6进行分子系统发育与氨基酸变异分析。1 733份手足口病病例标本中，检出EV阳性1 627份，总检出率为94.65%(1627/1733)；检出CVA6阳性1 042份，CVA6检出率为60.13%(1 042/1 733)。2020-2022年各年度HFMD主要病原体均为CVA6，各年的检出率分别为84.62%(341/403)、46.70%(382/818)和62.30%(319/512)。基于VP1序列的分子系统发育分析表明，2020-2022深圳地区测定的77株CVA6毒株均属于D3a基因型，但处在两个明显不同的进化分支，两个不同进化分支的CVA6毒株之间存在L15P和V173I两个氨基酸差异位点。77株CVA6毒株之间，核苷酸相似性和氨基酸相似性分别为91.8%～100%和97.2%～100%，其VP1氨基酸序列出现了19个（7.20%, 19/264）氨基酸多态位点。CVA6是2020-2022年深圳市引起HFMD的主要病原体，在2020年是绝对优势型别。深圳地区流行的CVA6仍然是我国大陆地区主流基因亚型D3a，但是表现出了一定的遗传多样性。

• 单位
  南华大学; 南方医科大学; 公共卫生学院; 深圳市疾病预防控制中心